任天堂の誇るアクションゲーム「メトロイド」がGAMECUBE版として初登場。今作は操作するキャラクターの視点でプレイするアームキャノンを駆使したシューティング要素の3Dアクションアドベンチャーゲームとなっている。
『メトロイドプライム』の舞台はかつて鳥人族の文明があったと言われる「ターロンIV」。その星は今や宇宙海賊の実験により、悪性変異した生物で満ちていた。主人公のサムスに与えられた使命は、この星の謎を解明しモンスターを駆逐することだ。
今回はあらゆるミッションをクリアするためにバイザーが4種類用意され、その種類を変えながら実験施設の情報を集めていく。もちろんビームキャノンも数種類のビームを使い分けることができるので、シューティングにも力が入る。また、同時期発売のGAMEBOY ADVANCE版『メトロイドフュージョン』との連動企画が用意されているところもポイント。本タイトルをクリアして「フュージョン」を接続ケーブルでつなぐと「フュージョン」のスーツ姿で「プライム」をプレイでき、また逆に「フュージョン」をクリアして今作と接続ケーブルでつなぐとNES版（北米版ファミリーコンピュータ）「メトロイド」をプレイすることが可能になる。（樋口浩二）
